Chacune des coopératives au sein de la Fédération est représentée à l'assemblée générale par un minimum de deux délégués choisis par leur conseil d'administration. Les coopératives suivantes sont des membres de la Fédération et portent les noms officiels qu'elles utilisaient lorsqu'elles furent établies: Povungnituk à Puvirnituq, Poste de la Baleine à Kuujjuaraapik, Ivujivik à Ivujivik, Sugluk à Salluit, Inoucdjouac à Inukjuak, Fort Chimo à Kuujjuaq, George River à Kangiqsualujjuaq, Payne Bay à Kangirsuk, Aupaluk à Aupaluk, Wakeham Bay à Kangiqsujuaq, Akudlivik à Akulivik, Koartak à Quaqtaq, Umiujaq à Umiujaq et Tasiujaq à Tasiujaq.
Ci-dessous l'organigramme de la FCNQ qui en décrit la structure organisationnelle. Le conseil d'administration est élu par les délégués lors de l'assemblée générale qui se tient habituellement dans une communauté différente à chaque année. Le directeur général de la FCNQ est également le directeur du service de la coordination.
Mark Blair, Directeur géneral
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