L'assemblée générale rassemble les délégués des coopératives qui se réunissent au cours des quatre mois suivant la fin de chaque année fiscale.
Chaque coopérative est représentée par deux délégués lors de l'assemblée générale de la Fédération, la seule exception étant la coopérative de Kuujjuarapik qui comporte des membres cris et inuits. Dans ce cas les Cris et les Inuits ont leur propres représentants respectifs. Pour les autres coopératives, un représentant est choisi par chaque conseil d'administration des coopératives et l'autre représentant se trouve à être l'administrateur de la coopérative qui faisait partie du conseil d'administration de la Fédération l'année précédente.
Chaque délégué possède un seul vote et les décisions sont prises selon un vote majoritaire. L'élection du conseil d'administration s'effectue par vote secret.
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