Le conseil de direction est composé du président, de deux vice-présidents et de deux cadres de direction élus par le conseil d'administration de la FCNQ. Un secrétaire et un secrétaire adjoint sont aussi nommés.
Le rôle primordial du conseil de direction est de faire appliquer les décisions du conseil d'administration. Le conseil de direction assiste aussi les dirigeants de la Fédération dans l'exécution de leurs fonctions, prend les décisions concernant la bonne gestion des affaires courantes de la Fédération et offre des comptes rendus de toutes ses décisions au conseil d'administration. Le secrétaire rédige le procès-verbal de toutes les réunions.
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